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The open source clustering software available here contains clustering routines that can be used to analyze gene expression data. Routines for hierarchical (pairwise simple, complete, average, and centroid linkage) clustering, k-means and k-medians clustering, and 2D self-organizing maps are included. The routines are available in the form of a C clustering library, an extension module to Python, a module to Perl, as well as an enhanced version of Cluster, which was originally developed by Michael Eisen of Berkeley Lab. The C clustering library and the associated extension module for Python was released under the Python license. The Perl module was released under the Artistic License. Cluster 3.0 is covered by the original Cluster/TreeView license.
Description
Die hier verfügbare Open-Source-Clustering-Software enthält Clustering-Routinen, mit denen Genexpressionsdaten analysiert werden können. Routinen für hierarchisches (paarweise einfaches, vollständiges, durchschnittliches und zentrales Koppeln) Clustering, k-means und k-medians Clustering sowie 2D selbstorganisierende Karten sind enthalten. Die Routinen sind in Form einer C-Clustering-Bibliothek, eines Erweiterungsmoduls für Python, eines Moduls für Perl sowie einer erweiterten Version von Cluster verfügbar, die ursprünglich von Michael Eisen von Berkeley Lab entwickelt wurde. Die C-Clustering-Bibliothek und das zugehörige Erweiterungsmodul für Python wurden unter der Python-Lizenz veröffentlicht. Das Perl-Modul wurde unter der Künstlerischen Lizenz freigegeben. Cluster 3.0 ist durch die ursprüngliche Cluster/TreeView-Lizenz abgedeckt.
Translated by Stephan Woidowski
Reviewed by Christoph Gerlach
Located in Package: cluster3
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