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SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees. Alignments can be manually edited. It drives the programs Muscle or Clustal W for multiple sequence alignment, and also allows one to use any external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files. It computes phylogenetic trees by parsimony using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm, by distance with NJ or BioNJ algorithms on a variety of evolutionary distances, or by maximum likelihood using the program PhyML 3.0. SeaView draws phylogenetic trees on screen or PostScript files, and allows one to download sequences from EMBL/GenBank/UniProt using the Internet.
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| 2011-11-07 |
O SeaView lê e escreve diversos formatos de arquivo (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) de sequências de DNA e proteína e de árvores filogenéticas. Os alinhamentos podem ser editados manualmente. Ele utiliza os programas Muscle ou Clusta lW para o alinhamento de múltiplas sequências e também permite utilizar qualquer algoritmo de alinhamento externo capaz de ler e escrever arquivos formatados em FASTA. Ele computa árvores filogenéticas por parcimônia usando o algoritmo dnapars/protpars do PHYLIP, por distância com algoritmos NJ ou BioNJ sobre diversas distâncias evolutivas, ou por máxima verosimilhança usando o programa PhyML 3.2. O SeaView gera árvores filogenéticas na tela ou em arquivos PostScript e permite baixar sequências dos bancos EMBL/GenBank/UniProt pela Internet.
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It provides a series of functions to calculate properties of protein structures and allows performing local modifications.
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| 2011-11-07 |
Ele provém uma série de funções para calcular propriedades de estruturas proteicas e permite realizar modificações locais.
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It provides a complete molecular viewer of protein structures and their ligands.
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| 2011-11-07 |
Ele provém um visualizador molecular completo de estruturas proteicas e seus ligantes.
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| 175. |
Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences (graphical interface)
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| 2011-11-07 |
Alinhamento múltiplo de sequências de ácidos nucleicos e proteínas (interface gráfica)
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| 1242. |
tools for generating images of proteins or other molecules
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| 2011-11-07 |
ferramentas para a geração de imagens de proteínas ou outras moléculas
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